Em Halo, uma épica batalha acontece no século 26 entre a raça humana e uma espécie alienígena conhecida como Covenant. Após anos de domínio, quando colônias começam a se rebelar, a liderança da raça Covenant declara que humanos são hereges perante seus deuses e inicia uma onda genocida contra a raça humana.
Após a redescoberta dos anéis de Halo, o líder Master Chief (Pablo Schreiber) ao lado de sua equipe e a inteligência artificial Cortana, irão tentar destruir o que para os Covenant é um instrumento poderoso.
Em contrapartida, a espécie Covenant também passa por conflitos internos próprios quando um de seus comandantes é exilado e se alia junto com outros divergentes ao lado dos humanos. A trama explora a complexidade dessa nova sociedade em conflito e o passado de seus personagens.