A terceira temporada de HANNA continua a jornada de uma jovem extraordinária, interpretada por Esmé Creed-Miles, que foi criada pela sinistra organização Utrax e treinada para ser uma assassina. Hanna (Creed-Miles) agora está secretamente tentando destruir Utrax por dentro e se libertar de suas garras com a ajuda de seu inimigo anterior, a ex-agente da CIA Marissa Wiegler (Mireille Enos).
Juntos, eles coagiram o agente de alto escalão da Utrax John Carmichael (Dermot Mulroney) a ajudar em sua missão, mas seus companheiros jovens assassinos, Sandy (Áine Rose Daly) e Jules (Gianna Kiehl), bem como novos inimigos estão começando a suspeitar da trama de Hanna .
Conforme Hanna se aproxima de seu objetivo, ela começa a descobrir não apenas uma agenda para mudar o mundo, mas o verdadeiro poder por trás de Utrax que está entre ela e a liberdade.